La gran mayoría de los personajes introducidos en la serie son ninjas provenientes de las distintas aldeas y facciones que aparecen en la historia. Los protagonistas pertenecen a la Aldea Oculta de la Hoja y la historia, si bien no gira en torno a ellos, es narrada mayormente en base a sus aventuras. Estos personajes son:
La influencia de los guerreros ninja resultó indispensable para crear a los distintos personajes que aparecen en la serie; sin embargo, sus habilidades varían puesto que su adiestramiento es a base de un conjunto de disciplinas de combate, además de interactuar con su energía interna (chakra). En la ilustración, un Shuriken utilizado simbólicamente como arma por los ninjas.
* Naruto Uzumaki (うずまきナルト, Uzumaki Naruto?): protagonista de la historia. Un joven ninja que alberga en su interior al demonio Kyūbi y que desea convertirse en Hokage de su aldea para demostrar a todos su verdadero poder, al igual que su valentía. Sus compañeros de grupo (al inicio de la historia) son Sasuke, Sakura y Kakashi. Este último es su maestro. Con el avance del relato, dicho grupo cambia a partir de que Sasuke decide abandonar la aldea para llevar a cabo su venganza personal. Poco después, Naruto se convierte en aprendiz de Jiraiya
* Sasuke Uchiha (うちはサスケ, Uchiha Sasuke?): miembro del clan Uchiha. Es un chico serio, aunque posee gran habilidad para las artes ninja. Su objetivo es hacerse lo suficientemente fuerte como para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás compañeros de su clan. En lo sucesivo, abandonará la aldea para entrenar con Orochimaru.
* Sakura Haruno (春野サクラ, Haruno Sakura?): es la única chica del equipo. Inicialmente está enamorada de Sasuke y desprecia a Naruto. Al avanzar la historia ve que Sasuke no tiene ningún interés en ella y empieza a apreciar al segundo. Se convierte en aprendiz de Tsunade, con quien aprende técnicas medicinales ninja.
* Kakashi Hatake (はたけカカシ, Hatake Kakashi?): primer maestro del equipo de Naruto, Sasuke y Sakura. Es un ninja experimentado, severo a primera vista y amante de las novelas para adultos que se preocupa mucho por el trabajo en equipo. Posee un Sharingan (técnica de línea sucesoria) en su ojo izquierdo, el cual consiguió de parte de un miembro del clan Uchiha que era amigo suyo. Éste se lo dio en una situación desesperada. Con este ojo, Kakashi ha copiado muchas técnicas de otros ninjas, lo que le ha valido el apodo de «Ninja copia».
