En 1986, el interés en el sistema FDS declinó, lo que puso a Square al borde de la bancarrota. Aproximadamente al mismo tiempo, el diseñador Hironobu Sakaguchi comenzó un ambicioso trabajo sobre un nuevo juego RPG de fantasía y aventuras para el Famicom Disk System, inspirado en parte por el popular juego de Enix, Dragon Quest (conocido en Estados Unidos como Dragon Warrior). Sakaguchi tenía el plan de retirarse después de la terminación del proyecto así que lo denominó Final Fantasy ("Fantasía final" en inglés) porque era su juego final, aunque igualmente iba a ser el juego final de la empresa. De hecho, algunas personas creen que el nombre del juego fue inspirado por la salida de Squaresoft y no de Sakaguchi, aunque el propio Sakaguchi ha confirmado que el nombre se debe a sus planes para retirarse. De cualquier manera, Final Fantasy resultó estar lejos de ser el último videojuego de Squaresoft o de Sakaguchi. Final Fantasy revertió la desfortuna de Square y se convirtió en la franquicia principal de la empresa.
Despues del éxito del primer juego, Square comenzó rápidamente el trabajo sobre una secuela, pero inusualmente Final Fantasy II ofreció personajes completamente diferentes, solamente con un contexto, semejanzas temáticas e historia similar a su precursor. Esta inusual tendencia ha continuado en las diversas secuelas a través de la serie, introduciendo un mundo nuevo, y un nuevo sistema de juego con cada edición de Final Fantasy. Muchos elementos y temas se repetirían a través de la serie, pero no habría ninguna secuela directa hasta el lanzamiento de Final Fantasy X-2, en 2003 (sin embargo, después de la fusión con Enix han llegado a ser cada vez más frecuentes las auténticas secuelas del juego). De alguna manera, la serie de Final Fantasy ha sido un escaparate creativo para los desarrolladores de Square, y muchos elementos introducidos originalmente en la serie han logrado incorporarse en otros títulos de la empresa, más notablemente en dos de sus otras licencias importantes, SaGa y Seiken Densetsu.
Desde el primer juego de Final Fantasy hasta Final Fantasy VI, el diseño artístico, incluyendo el trabajo de diseño de monstruos y personajes, fue manejado por el renombrado artista japonés Yoshitaka Amano. Después de la salida de Amano, lo sustituyeron por Tetsuya Nomura, quien continuó trabajando en la saga hasta Final Fantasy X, a excepción de Final Fantasy IX, donde el diseño de los personajes fue manejado por Shukou Murase, Toshiyuki Itahana y Shin Nagasawa. Akihiko Yoshida, quien ejerció como diseñador de personajes para Final Fantasy Tactics, así como para Vagrant Story y el exitoso Final Fantasy XII. En octubre de 2003, Kazushige Nojima, el principal escritor de escenarios de la saga, renunció a Square Enix para crear su propia empresa, Stellavista. Él escribió parcial o totalmente las historias para Final Fantasy VII, Final Fantasy VIII, Final Fantasy IX, Final Fantasy X, y Final Fantasy X-2. Square Enix continuó encargando el desarrollo de la historia y escenarios a Nojima y Stellavista.
